船员证体检是指船员在申请或续签船员证时需要进行的身体健康检查，以确保其身体状况符合从事航海工作的要求。在进行船员证体检时，船员需要亲自前往指定的医疗机构进行检查，医生会根据船员的身体状况给出相应的体检结果。

如果船员在船员证体检时让别人代替自己进行检查，这是违法行为。因为船员证体检是船员从事航海工作的必要条件之一，如果船员没有通过体检或者通过了假体检，从事航海工作可能会对自己和他人的安全造成严重的威胁。此外，船员证体检也是国家对从事航海工作的人员进行管理和监督的重要手段，如果船员通过让别人代替自己进行体检的方式欺骗了管理部门，这也是违法行为。

因此，船员在进行船员证体检时应该亲自前往指定的医疗机构进行检查，不得让别人代替自己进行体检。如果发现有人通过让别人代替自己进行体检的方式欺骗管理部门，相关部门将会追究其法律责任。