代替体检惩罚制度的文件是《关于进一步深化教育领域综合改革的实施意见》。该文件于2018年11月发布，旨在推进教育领域的综合改革，包括取消体检惩罚制度。

该文件明确规定，学校不得以体检结果作为学生升学、评优评先等方面的依据。同时，学校也不得以体检结果作为学生惩罚的依据，不得采取体育课分数、体测成绩等方式对学生进行惩罚。此外，学校还应该加强对学生身体健康的关注，开展健康教育和体育锻炼，提高学生身体素质。

这一文件的发布，旨在打破传统的体检惩罚制度，推动教育领域的改革，更好地保障学生的权益和身体健康。