代替体检惩罚制度指的是企业或组织在招聘、晋升等过程中，要求应聘者或员工进行体检，并将体检结果作为考核、评价的依据，从而产生惩罚或奖励的行为。这种制度是否违法，需要根据不同国家和地区的法律法规来判断。

在中国，根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》，用人单位不得在招聘、录用、职务升迁等方面要求劳动者进行体检。这是因为体检涉及到个人隐私和健康状况，企业或组织不应该过度干涉个人的自主权和隐私权。而且，体检结果可能存在误诊、误判等情况，对个人造成不必要的损害。

因此，代替体检惩罚制度在中国是违法的。企业或组织如果要求员工进行体检，应该是自愿的，并且体检结果只能用于保障员工的健康和安全，不能作为考核、评价的依据。

总之，代替体检惩罚制度的合法性需要根据不同国家和地区的法律法规来判断，企业或组织应该遵守相关法律法规，保护员工的合法权益。